五是跨海作战保密不严。两次入侵日本都不是突然袭击，攻其不备，而是日本事先都得到可靠消息，作了充分的迎战准备。
特别是第二次入侵，日本人严密侦视了元帝国的动向，对蒙古来袭做了充分的战争准备。
此时日本政局稳定，北条时宗对镰仓幕府和日本各藩的控制远胜以往。
因此日本人能够动用更多的人力物力抗击入侵。
幕府在九州征用民夫于博多湾一带，敌人最有可能登陆的地区沿海滩构筑了一道石墙，用以阻碍蒙古骑兵。
事实上蒙古兵始终没有突破这个防线。
六是天公不作美，飓风帮了日本的忙，日本人将之称为“神风”。
两次入侵日本都遭到猛烈的飓风袭击，损失惨重。
公元1281年第二次侵日时的8月1日，太平洋上突然刮起了猛烈的飓风。
风暴持续四天，元军南方舰队的舰船基本被毁，北方舰队的舰船也损失大半。
北方舰队剩余的舰船搭载指挥官以及部分蒙古军和高丽军逃离战场驶返高丽。
南方军的指挥官和部分高级官员眼看回天无术，也只得丢下大部队，乘南方舰队残存的几艘船逃离。
此时九龙山的海滩上尚留有近十万元军，这些人失去了补给和退路，又无力突破日军的防线，陷入绝望境地。
三天后，日本人开始反攻，将残存的元军驱赶至一处名为八角岛的狭窄地区，然后纵兵攻击。
元军大部被杀，剩余的两万多人作了俘虏。
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