640年，高昌国王麴文泰向西突厥乙毗咄陆可汗称臣结盟，截断了丝绸之路，攻打唐朝属国伊吾，扣押西域诸国经高昌前往唐朝通好的商人和贡使。
鉴于此，唐太宗派吏部尚书侯君集率10万大军攻灭麴氏高昌王国。
自此高昌地区重新纳入中原王朝管辖后，且由此打通了唐朝与西域、中亚交往的通道。
唐朝政府在此置西昌州，归安西都护府管辖，州治设在高昌城，其城市的政治与军事职能空前膨胀。
同时，在西昌州实行与内地相同的政治、军事、经济及文化制度，推行均田制和租庸调制等一系列政治、经济措施，大力发展当地的农业和手工业，并确保丝路贸易的畅通，使当地经济、文化发展进入了历史上的繁荣昌盛时期，高昌城也得到进一步扩建，成为内地通往西域的重要门户，连接中原与中亚、西亚和欧洲的交通枢纽，世界古代宗教最活跃、最发达的地方，常住居民近5万人。
唐末年，游牧在天山北麓的回鹘人大首领仆固俊率部攻占高昌城。次年，他以高昌城为都城，建立了高昌回鹘王国。其疆界最盛时西至龟兹、阿克苏、乌什一带，与喀喇汗王朝接壤，西北界天山，北面包括准噶尔盆地，南隔塔里木盆地与于阗为邻，东至敦煌与西夏分界，东南以阿尔金山与黄头回纥接壤。
元朝时随着蒙古汗国的崛起，高昌回鹘王国主动归附蒙古政权，成吉思汗赐高昌回鹘国王巴而术阿而忒的斤为第五子，并下嫁也立安敦（又名阿勒阿勒屯）公主为王后。由此，高昌回鹘王国长期保持着半独立状态。
元朝中后期，游牧于天山以北的蒙古贵族窝阔台汗之孙海都开始不断南下侵扰高昌回鹘王国，后来海都和察合台汗之孙都哇等相互勾结，发动反元叛乱战争，派12万大军向高昌城发动了大规模进攻。次年，叛军攻破高昌城后，对城内的建筑进行了疯狂的破坏，并纵火焚毁了整座城市，高昌回鹘国王被迫亡命甘肃永昌县，延续了400多年的高昌回鹘王国名存实亡，所辖领地并入察合台汗国。高昌城也在这场战争中经历了一场史无前例的浩劫，由此变成了一片废墟，形成了现在的高昌故城遗址。
清光绪年间，俄国植物学家、医生阿尔伯特·雷格尔考察高昌故城并将其描述为“筑有很厚围墙的 一大片墟址”的“一座古罗马般的城市”。他继而断言到“这是古代新疆的一个文化发达民族的建筑物”。雷格尔对高昌故城考察后的纪实性描述引起了西方学者和探险家的极大兴趣，也揭开了新疆文化考察的开端。
后来俄国季米特里·克列门兹由俄国圣彼得堡科学院派到天山南部进行自然科学考察兼考古.收集文物。在吐鲁番考察和挖掘了高昌故城、阿斯塔那古墓、吐峪沟、木头沟和其他一些古代佛教遗址。其所获文物，至今存放在圣彼得堡艾米塔什博物馆，文书收藏在俄国科学院彼得堡分院的东方研究所。
再后来，臭名昭着的英籍匈牙利人斯坦因先后四次到新疆地区探险考察，对高昌故城进行了地形测量，在阿斯塔那发掘34座墓葬，获得大批文物，斯坦因从新疆带回的一部分文物和织物收藏在伦敦大英博物馆，有关吐鲁番的大部分物品收藏于新德里博物馆。
德国人也“不甘落后”，先后四次组织考察队来新疆从事活动，三次涉及吐鲁番地区：1902年，格伦威德尔带领“皇家普鲁士吐鲁番考察队”对吐鲁番进行了第一次考察，劫走46箱文物；第二次是由勒柯克领导，在柏孜克里克、吐峪沟、胜金口等千佛洞和高昌故城内的王宫、寺庙遗址，大肆盗掘和切割壁画；1905年从吐鲁番运走了各种文字古写本、经卷、各种钱币、雕像、石刻、壁画和其他文物共计200箱，后来格伦威德尔和勒柯克联合进行考察，共运走新疆文物128箱。
法国人伯希和紧随德国人的步伐，考察高昌故城，获得部分文物，所获文物大都收藏在吉美博物馆，文书资料收存在巴黎图书馆的东方手卷部。
欧洲强盗窃取大量文物后，日本人也想要分上一杯羹，其考察队先后三次到新疆，第二次来时，由野村荣三郎和桔瑞超带领，在吐鲁番地区作了搜寻；桔瑞超和吉川小一郎分头在敦煌、吐鲁番七克台、胜金口、吐峪沟，交河故城、阿斯塔那古墓群作了挖掘，获得大量高昌王国至唐代的文书，后被称为“大谷文书”。
日本人盗取完后，俄国人又二次出现在了这个地方，俄国圣彼得堡科学院派鄂登堡对天山南北地区进行考察，组织第一次俄国所谓的“东突厥斯坦考察队”，考察发掘吐鲁番等地，对高昌故城进行过考察，所获高昌文物，现藏圣彼得堡艾米塔什博物馆。
1961~1965年，阎文儒先生到吐鲁番考察石窟，同时也考察了高昌故城，后来写下《吐鲁番的高昌故城》一文，影响深远。
自2005年~2013年，高昌故城共开展了7次考古发掘。2005年，国家启动丝绸之路（新疆段）重点文物保护工程，新疆文物考古研究所承担了对高昌故城维修前期的文物考古调查勘探和发掘工作。截至2013年，新疆文物考古研究所共在高昌城内进行了6次发掘，吐鲁番学研究院进行了最近一次的发掘】
如果你能看到这里，你便会发现，在新疆盗取过文物和古墓的这些西方强盗，也同样曾经染指莫高窟……
这如何能让人不气愤？
这让人如何释怀？
躺在大英博物馆、圣彼得堡艾米塔什博物馆和俄国科学院彼得堡分院的东方研究所、柏林科学院吐鲁番学研究中心和国家图书馆东方部、巴黎图书馆的东方手卷部、日本东京国立博物馆里的那些文物，能答应吗？
假如这些文物会说话，它们，又会讲出什么样的故事呢？
当我把手机递给佳佳，她看到后关于这座高昌故城的介绍后，她也陷入了沉思……
沉默良久之后，佳佳才坐在折叠椅上，神色凝重的开口说道:“整个清末民国初期，因为国家动乱，到底丧失了多少价值连城的文物啊……”
是啊，多少古代西域的文物，在那个时代被西方强盗窃取而去……
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