在三傻为此争论不休的时候，朱允炆还是采纳了跟自己较为亲近的老师黄子澄的意见，首当其冲的就选择了朱棣的同母弟弟周王朱橚。
朱橚的二儿子向朝廷诬告父亲图谋不轨，朱允炆二话不说直接派李景隆把周王全家押送进京，定了一个谋反之罪，扔到了云南去当野人。说朱允炆想废除朱元璋的藩王政策，那也不对，因为他一登基就把自己的弟弟们全都封为了亲王。
其中三弟朱允熥的封号还是吴王，违反了朱元璋时期不封江南钱粮种地的惯例。朱允炆的削藩之举，说到底还是想解除外藩对自己的威胁。
接下来他又连废带相民四王，襄王不愿被建文帝羞辱，于是就点燃了熊熊大火自焚而死。襄王这一把火不仅夺走了襄王全家的性命，也让建文帝坐实了残害宗王的罪名。
是诸王同气连枝，本来还想效忠朝廷的藩王见到襄王一家的惨剧，也不禁心有戚戚。而朱棣此时也明白自己铁定是一死，于是便开始紧锣密鼓地准备造反。按理说燕王朱棣只有北平一隅之地，而作为正牌皇帝的建文帝坐拥全国，朱棣不仅手上没有兵，他的三个儿子还在南京做人质，无论怎么看燕王都是以卵击石。
可就在齐泰提议要逮捕朱棣的三个儿子正式摊牌的时候，黄子澄却对朱允炆说，如果抓了他的三个儿子，朱棣就会知道我们要对他下手了，不如放了这三个孩子来麻痹朱棣，这个建议差点没给齐泰气死。等到孩子们回到BJ以后，朝廷就收到了燕山所护卫千户倪谅举报朱棣密谋兵变的消息，朱棣打着清君侧的旗号起兵靖难，史称靖难之役。
起兵后朱棣身边一共也就几千人，所以朱棣首先要解决的就是兵员的问题。然而古话说得好，千军易得，一将难求。燕王朱棣曾多次领兵出塞，军中不乏许多他的小迷弟，仅仅是通过对BJ地区的搜刮，就凑出了几万人的队伍。而建文帝从小是读圣贤书长大的，根本没经历过战争，也不知道怎么打仗。
经过太祖皇帝朱元璋几轮的清洗，能打的开国名将也没剩几个了。新生代武将中最受朱元璋器重的是曹国公李景隆，然而从最后的结果来看，这位仁兄是个不折不扣的草包。封了神的朱允炆只好让老将耿炳文率大军前往征讨朱棣，耿炳文本就不是进攻型的将领，从没有作为主将指挥过明朝的大型战役，再加上年纪已老，建文帝选他是因为实在无人可用，二是因为耿炳文的儿子娶了建文帝的长子。
但在大军出师之前，朱允炆却下达了一个奇葩的命令：“毋使朕有杀叔之名”，这让耿炳文一时间不知所措，果然大败而归。此时三傻中的黄子澄再次补上了一刀，本来耿炳文转攻为守，想拖到让朱棣不攻自破，而黄子澄却建议下旨命令耿炳文回朝。
派曹国公李景隆率50万大军前去讨伐，除了没有良将以外，建文帝还有个致命的缺陷，那就是他对自己身边的间谍毫无所知。朱棣在南京城里安插了大量的间谍，连建文帝身边伺候的太监也不例外。
此外军队中有很多为燕王通风报信之人，朝廷的一举一动，燕王都了然于胸。情报的单方面透明是建文帝最大的劣势之一，这将直接改变战争的走向。朱棣一得到情报就把北平交给了老婆、儿子，自己率轻骑去大宁找宁王借兵。
50万大军，听起来挺吓人，除去后勤人数，实际作战部队只有一二十万。此外这支50万大军是从南方各地守军中临时拼凑而来的，并不适应北方苦寒的气候，由于没有准备过冬的衣服，再加上水土不服，50万大军迟迟无法攻克北平。
期间倒是有人攻破了北平的一个城门，没想到李景隆为了抢功强令他退出来，到手的胜利就这样失之交臂。等到朱棣借兵归来时，朝廷的50万大军已成强弩之末，李景隆匆匆排兵列阵，结果不出意外地被朱棣击溃，全军覆没。
而建文帝并没有问罪于李景隆，因为李景隆是勋贵武将中的领军人物，其父李文忠是仅次于徐达、常遇春的开国名将。朱允炆以为李景隆只是无能，从后来的结果来看，李景隆在某些方面是相当精明的。朱棣大胜之后得意洋洋，自认为朝廷已经不堪一击，很快就推进到了济南。
没想到在济南朱棣围城数月却迟迟不能攻下，准备用大炮强行轰开城门。山东参政铁铉想出一计，在城墙上悬挂朱元璋的画像，朱棣非常愤怒，最终撤回北平。在行至东昌时遭遇惨败，的天平似乎开始向建文帝这里倾斜了。
然而接下来的战况却是出乎意外，燕王始终无法越过山东向江南进发，即使占据城池，也因兵力太少无法固守，而朝廷这边也不好过，内战打了三年，百姓苦不堪言，粮饷兵源日渐枯竭。无奈只好把南京的军队派上战场，然而这个机密的消息却被太监传递到了燕王那里，燕王孤注一掷率大军南下，经徐州直驱南京而去，在灵璧之战中大败南军，俘获众多将领，至此朝廷再无一战之力了。
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