之后一路南下乘胜追击，在汉城以北的碧蹄馆与日军遭遇，双方激战一日，死伤惨重。由于粮草供应不足，朝鲜国内未流行战争陷入了僵局，中日两方开始议和谈判。
正当两方议和使臣互相坑蒙拐骗的时候，明朝的播州又发生了叛乱，杨应龙起兵造反，由于明军准备不足，被叛军打得节节败退。朱常洛是由恭妃王氏所生，按照明朝立嫡立长的规则，如果万历没生儿子，那么朱常洛就会是下一任太子。
然而正因为这个皇长子的身份让朱翊钧、朱常洛、王氏三人都无比的痛苦。原来王恭妃本是李太后身边的宫女，有一次万历在向母后请安时临幸了王氏，不久后她就发现自己怀孕了，在母亲的要求下，万历才不情不愿地册封王氏为宫妃。
1586年，郑妃生下了皇三子朱常洵。李太后大喜，这回更是彻底地把王恭妃母子忘在了脑后，对言官们不依不饶地让自己早立太子，万历非常反感，索性就不上朝了。其实这在明朝也不是什么新鲜事，万历的爷爷朱厚熜就曾20多年不上朝，但是百官提交上去的奏章都能得到及时的批复处理。
而万历的不上朝则是连奏章都不批，京城地方提交的奏章都如泥牛入海一般杳无回音。虽然有不少是催促立太子的长篇大论，但也不乏事关国计民生的重要意见。
在皇权极度专制的明朝，皇帝如果不管，那么带来的后果将会是灾难性的，因而后世才有评价说明朝实则亡于万历。
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